長庚大學校內廢棄物依性質區分為一般廢棄物、可回收廢棄物（如廢金屬、電腦主機、螢幕、印表機等）、感染性廢棄物（如實驗用針頭、針筒及實驗後動物屍體）及化學廢液（包含有機及無機實驗藥品等）。若未妥善處理，除影響校園運作，更可能對環境造成嚴重衝擊，故本校積極推動廢棄物分類與回收作業，落實垃圾源頭減量與資源循環之目標。
感染性廢棄物依規定辦理登記與高溫滅菌後入庫，尖銳廢棄物每月入庫、每週清運一次。化學廢液須填具收集與入庫紀錄表，每月集中入庫，每季統一清運。為確保處理合法合規，學校嚴格遴選清運業者，並定期查核作業流程，同時要求清運車輛加裝GPS 定位系統，以即時追蹤並強化管理。
2024 年度校園廢棄物總量為769.01 公噸，較2023 年增加12.17 公噸，主要因一般廢棄物與廢鐵回收量上升所致，當年度整體回收率為16.16%。為強化廢棄物管理效能，學校自2024 年起導入廢棄物減量目標管理機制，設定「每年總廢棄物減量1%」為具體目標，並同步訂定回收率提升計畫，預計至2027 年逐步將校園整體回收率提升至 20% 以上，建立穩定且具成效之資源循環系統。
為達成此目標，學校擬透過以下策略推動執行：
1. 加強廢棄物分類意識及校內教職員生之環境教育宣導
2. 優化各單位資源使用流程，降低一次性耗材與不必要之資源浪費
3. 鼓勵各單位採用可重複利用或具回收價值之材料
4. 建立年度追蹤機制，定期盤點各類廢棄物產出與回收成效，以實現持續減量目標
未來將持續監測各類廢棄物流向與處理量，並逐步提升回收比率，以實現資源有效利用及廢棄物總量逐年遞減之永續目標。