教學大綱
| 教科書 | 自編講義 |
| 教科書ISBN | 0000000000 |
| 參考書 | Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor Springer-Verlag New York, Inc. Secaucus, NJ, USA ©2005 ISBN:0387251464 |
| 課程講義網址 | |
| 整體教學目標 | 1.培養生物醫學背景學生生物醫學資料庫建立、管理、操作與整合之基礎能力 2.熟習現有生物資料庫整合分析工具與自動化擷取資料庫內容之技巧 |
| 教學方法 | 觀念講述、範例操作示範、課堂操作練習、課堂討論 |
| 課程簡介 | 隨著生物大數據快速擴展與累積，資料管理與資料擷取技術在生醫相關研究領域日顯重要。 本課程包含三大部分： 1)介紹資料庫管理與資料視覺化技術 此部分將介紹資料庫管理的基本蓋念與技術，包含圖形管理介面、資料結構、資料庫連接函式庫、資料處理與清理、資料圖像化與互動式網站建構。 2)生醫資料庫與現有資料庫整合分析模組之實際操作應用 此部分將配合範例教導學生如何自動化擷取生物醫學資料庫並透過現有整合分析工具進行視覺化分析。最終目標希望學生能自行建立個人化分析資料庫。 |
| 彈性學習 | 1.Build an SQL Database via OpenAI technology (非同步數位學習) 2.SQL query support from OpenAI technology (非同步數位學習) |
| 成績考核 | 作業: 40% 期中考: 30% 期末報告: 30% |
| 師生互動時間 | 星期二 11:00-12:00 分機#3729 黃柏榕老師聯絡方式：pjhuang@gap.cgu.edu.tw |
教學進度
| 項次 | 教學主題 |
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1 |
1. Introduction to database system 2.授課老師：黃柏榕 |
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2 |
1. Notion & Database in Notion 2.授課老師：黃柏榕 |
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3 |
1. Mining and Visualizing MeSH-based associations in PubMed & Scopus & Bibliometrix 2.授課老師：黃柏榕 |
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4 |
1. Basic SQL Language (I) Data Processing & Format Conversion 2.授課老師：黃柏榕 |
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5 |
1. Basic SQL Language (II) Data Processing & Format Conversion 2.授課老師：黃柏榕 |
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6 |
1. Interactive data tables for R 2.授課老師：黃柏榕 |
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7 |
1. Tomb Sweeping Day 2.授課老師：黃柏榕 |
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8 |
1. Mid-term exam 2.授課老師：黃柏榕 |
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9 |
1. Cancer Genome Atlas Database & Comprehensive Analysis of Variants in Cancer 2.授課老師：黃柏榕 |
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10 |
1.The Molecular Signatures Database (MSigDB) and Pathway enrichment Analysis 2.授課老師：黃柏榕 |
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11 |
1.Manipulation of SQLite-based genome annotation databases 2.授課老師：黃柏榕 |
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12 |
1.Proteome database Uniprot and human protein atlas (HPA) 2.授課老師：蕭永晉 |
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13 |
1. PDB database & PyMol 2.授課老師：劉益忠 |
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14 |
1.Constructing an Interactive Protein Structure Database Using the R Shiny Library 2.授課老師：黃柏榕 |
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15 |
1.Student Presentations I 2.授課老師：黃柏榕 |
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16 |
1.Student Presentations II 2.授課老師：黃柏榕 |
先修課程
| 本課程沒有先修課程規定 |
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