教學大綱
| 教科書 | 自編教材講議 |
| 教科書ISBN | 0000000000 |
| 參考書 | Elegant Graphics for Data Analysis https://ggplot2-book.org |
| 課程講義網址 | |
| 整體教學目標 | 培養學生使用軟體或運用雲端運算資源進行生物大數據之整理、分析、統計與圖表製作之能力，並學習軟體套件開發與封裝發表之能力。 |
| 教學方法 | 多元教學方式：1.生醫科學文獻圖表繪製重點範例講解2.使用Google or Microsoft Azure or Amazon等雲端運算資源3.隨堂實作練習與作業進階練習4.專案分組報告與軟體套件開發封裝與發表 |
| 課程簡介 | 近年生物科技快速發展，生物醫學研究已進入大數據時代。如何快速有效的將冰冷數據轉化為生動圖像並從中獲取重要意涵也成為當代學生必備之基本能力。本課程將介紹通用數據分析軟體Excel、powerBI及R。以生醫數據為範例，教導學生操作傳統Excel資料處理、統計、函式應用、巨集錄製與最新的樞杻分析、R互動式統計圖表與雲端協作報表製作與分享。 |
| 彈性學習 | 非同步數位學習 1.R package getopt 2.Interactive webpage using R Shiny |
| 成績考核 | 作業 40% 期中考 30% 期末報告 30% |
| 師生互動時間 | 星期二 11:00-12:00 分機#3729 黃柏榕老師聯絡方式：pjhuang@gap.cgu.edu.tw |
教學進度
| 項次 | 教學主題 |
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1 |
1. Introduction to biological biodata and visual analytics 2.授課老師：黃柏榕 |
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2 |
1.Genomic data visualization - Integrative Genomics Viewer (igv) 2.授課老師：黃柏榕 |
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3 |
1. Genetic variant annotation & visualization (maftools) 2.授課老師：黃柏榕 |
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4 |
1. Integrative Toolkit for Big Biological Data Analysis (TBtools) 2.授課老師：黃柏榕 |
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5 |
1.Venn、Upset and Gantt Chart 2.授課老師：黃柏榕 |
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6 |
1. Omics data visualization by Excel & PowerBI (I) 2.授課老師：李季青 |
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7 |
1. Omics data visualization by Excel & PowerBI (II) 2.授課老師：李季青 |
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8 |
1.Mid-term exam 2.授課老師：黃柏榕 |
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9 |
1.Pathway based data integration and visualization 2.授課老師：黃柏榕 |
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10 |
1. Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) 2.授課老師：朱俐潔 |
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11 |
1. Cytoscape I 2.授課老師：葉元鳴 |
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12 |
1. Cytoscape II 2.授課老師：葉元鳴 |
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13 |
1. Protein 3D Structure Visualization (PyMol) 2.授課老師：劉益忠 |
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14 |
1.Presentation of biomarker analysis 2.授課老師：蕭永晉 |
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15 |
1. Student Presentations I 2.授課老師：黃柏榕 |
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16 |
1. Student Presentations II 2.授課老師：黃柏榕 |
先修課程
| 本課程沒有先修課程規定 |
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