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高通量定序分析實作

課程資訊
學年/學期 112/2
授課教師 劉軒
開課單位 生醫所博士班
年級-班別 1-甲
科目代號(學分) BMD515(1)
課程名稱 高通量定序分析實作
開課序號 61395
主要開課序號
修課學生 本校: 12人;外校: 0人
人數限制 0~60
上課時間地點
星期 開始 / 結束 教室 [代碼說明]
星期五 3 (10:10) ~ 4 (12:00) 每週上課
核心能力 按此查詢
備註 一醫9F生物資訊中心電腦教室
教學大綱
教科書 On-line Teaching Materials
教科書ISBN 0000000000
參考書 E-Learing
課程講義網址
整體教學目標 本課程主要在使學員認識各種高通量定序之原理及應用,及學習如何取得應用網路上各種生物資訊資料,並進行分析.
教學方法 本課程為三學分(正課二小時,電腦實作二小時)。教師授課,實例討論及資料庫應用。課程將利用本校生物資訊中心之各種輔助軟體及高速電腦配合實習課程,上線實際操作。。
課程簡介 本課程的宗旨在分析及處理經由高通量測序技術所產出的數據,以及其在功能基因組學的實際應用。課程將全面介紹新一代測序技術的理論與實務操作,學生將利用連接到長庚生物資訊中心高速計算基礎設施的個人電腦,進行實際的數據分析操作。課程內容主要涵蓋兩大主題:一是針對測序數據的分析技巧,二是透過這些分析深入了解生物學功能的重要性。藉由2小時的課程講解及2小時的實際操作,深入探討功能性基因組學分析所涉及的生物學問題。
彈性學習 彈性學習 1. Final Disscussion, 授課教師:劉軒 彈性學習 2. Final Disscussion, 授課教師:劉軒
成績考核 作業-40%;期未報告-60%
師生互動時間 教師:劉軒 分機: 3526, E-mail: liu-hsuan@mail.cgu.edu.tw Friday 14:00-15:00
教學進度
項次 教學主題
1
1. 上課方式:實體上課 2. 上課主題:Intridution of New Generation Sequencing (NGS) Technologies and Software Installation 3. 授課教師:劉軒/張益峯
2
1. 上課方式:實體上課。 2. 上課主題:Basics of High Throughput Sequencing Data Analysis 3. 授課教師:張益峯
3
1. 上課方式:實體上課。 2. 上課主題:RNA/Noncoding RNA/Small RNA Sequencing Data Analysis and Pathway Functional analysis (I) 3. 授課教師:張益峯
4
1. 上課方式:實體上課。 2. 上課主題:RNA/Noncoding RNA/Small RNA Sequencing Data Analysis and Pathway Functional analysis (II) 3. 授課教師:劉軒
5
1. 上課方式:實體上課。 2. 上課主題:Transcriptome Data Integration Analysis: Coexpression Analysis and Network Building 3. 授課教師:劉軒
6
1. 上課方式:實體上課。 2. 上課主題:Biodata Resource (GEO/TCGA Database) 3. 授課教師:張益峯
7
1. 上課方式:實體上課。 2. 上課主題:Single Cell Sequencing Data Analysis (I) 3. 授課教師:劉軒
8
1. 上課方式:實體上課。 2. 上課主題:Single Cell Sequencing Data Analysis (II) 3. 授課教師:張益峯
9
1. 上課方式:實體上課。 2. 上課主題:Spatial Gene Expression Analysis (I) 3. 授課教師:劉軒
10
1. 上課方式:實體上課 2. 上課主題:Spatial Gene Expression Analysis (II) 3. 授課教師:張益峯
11
1. 上課方式:實體上課 2. 上課主題:期中報告 3. 授課教師:劉軒
12
1. 上課方式:實體上課 2. 上課主題:Artificial Intelligence in Biological Data 3. 授課教師:黃柏榕
13
1. 上課方式:實體上課 2. 上課主題:Exome Sequencing Data Analysi and Mutational Signature Analysis 3. 授課教師:張益峯
14
1. 上課方式:實體上課 2. 上課主題:Structural Variation Analysis 3. 授課教師:張益峯
15
1. 上課方式:實體上課 2. 上課主題:Metagenome Sequencing Data Analysis 3. 授課教師:葉元鳴
16
1. 上課方式:實體上課 2. 上課主題:Oxford Nanopore Sequencing Data Analysis 3. 授課教師:葉元鳴
先修課程
本課程沒有先修課程規定