長庚大學為了實施推動培育跨學科人才的教育目標，於民國91年分別成立「生化與生醫工程研究所」與「醫療機電工程研究所」。由於人口快速老齡化導致居家護理相關產業快速發展，及發展精準醫療技術及設備所需相關技能日益精密與複雜化，使得生物醫學工程領域相關學習的學生人數不斷增加。為了有效地整合與共享資源，培育具有工程科學背景的生物醫學工程師，具備可以整合工程學與生命科學相關知識，有效運用於解決臨床醫學中的問題或提高醫療效率，從而提高患者的生活質量的能力。長庚大學於107年8月合併了「生化與生醫工程研究所」與「醫療機電工程研究所」，成立「生物醫學工程研究所」，並在111年8月成立大學部「生物醫學工程學系」。