長庚大學醫學工程系擁有先進且完善的研究設施，為學術研究與創新提供了堅實的支持。該系設有多個專業研究室，包括：
- 功能性生醫材料實驗室
- 生醫材料與組織工程實驗室
- 組織工程及微流體生物晶片實驗室
- 生醫實驗力學研究室
- 生醫微機電實驗室
- 組織力學實驗室
- 生醫光電微流體晶片實驗室
- 耳科學實驗室
- 人工智慧微流體整合實驗室
這些研究室各有專業方向，涵蓋生醫材料、微流體晶片、組織工程、力學、光電微流體等領域。每一個研究室都致力於在其專業領域中取得突破，並積極培養學生的研究能力。
為支援實驗及學術探究，長庚醫工系配備了許多高科技儀器與設備，例如：
- X光繞射儀 (XRD)：用於材料的晶體結構分析，能夠提供精確的結構數據。
- Instron 雙軸骨材測試機：可用於材料的機械測試，特別適合骨科材料的強度分析。
- 桌上雷射雕割機：能精細切割各種材料，用於微機電及生醫裝置製作。
- 光介電泳微流體裝置：用於微流體研究，適合生物晶片上的細胞或微粒控制。
- 粉末燒結3D印表機：支援高溫材料的3D打印，能製作複雜的生醫裝置。
- 沈浸式體驗人體互動開發系統：提供虛擬人體環境的模擬，有助於進行生醫互動的研究與開發。
- 流式細胞儀：適合生物樣品的高通量分析，能夠快速測量細胞特性。
- 流變儀：用於測試材料的流動特性，特別適合生醫材料的研究。
長庚醫工系所擁有的這些高端儀器設備不僅增進了研究的精度與深度，還提供了學生豐富的實驗操作經驗。這些設備的投入使研究人員能夠在前沿的生醫工程領域內進行深入研究，為學術進展及醫療應用的突破奠定基礎。