本系致力於建構以工程學及基礎生物學為重點的學習環境，培養具備獨立思考、能整合工程學與生命科學知識，並有效解決臨床醫療問題的高級醫工人才。
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歷史沿革：為推動培育跨學科人才，長庚大學於民國 91 年成立「生化與生醫工程研究所」與「醫療機電工程研究所」。因應高齡化社會與精準醫療的快速發展，為有效整合資源，於 107 年 8 月將兩所合併為「生物醫學工程研究所」，並於 111 年 8 月正式成立大學部「生物醫學工程學系」。
- 教育目標：培育能作為工程與臨床醫學橋樑的生物醫學工程師，進而提升醫療效率與患者生活品質。