醫學院於民國76年4月奉准設立,同年7月開始招收學士後醫學系新生。民國78年,護理學系、醫事技術學系及七年制醫學系同時成立並招收首屆新生,原學士後醫學系則於民國80年停止招生。本院並於民國99年起因應發展需求進行系所整併及更名目前設有醫學系、護理學系(含碩士班及博士班)、醫學生物技術暨檢驗學系(含碩士班)、物理治療學系(含碩士班及博士班)、職能治療學系(含碩士班)、中醫學系(含天然藥物碩士班及傳統中醫學碩士班)、呼吸治療學系、生物醫學系、醫學影像暨放射科學系(含碩士班及博士班)、生物醫學研究所(含碩士班及博士班)、臨床醫學研究所(含碩士班及博士班)、顱顏口腔醫學研究所(碩士班)、早期療育研究所(碩士班)及學士後護理系(試辦),共計有十系四所。另陸續增設了五個學位學程供學子有更多的選擇(新興病毒分子醫學國際碩士學位學程、顯微手術國際碩士學位學程健康既長期照護產業碩士學位學程、生物科技產業碩 / 博士學位學程)

1987長庚醫學院

1993長庚醫學暨工程學院

1997長庚大學

1987長庚醫學院

 

1993長庚醫學暨工程學院

 

1997長庚大學

1987

學士後醫學系(1991停止招生)

1989

醫學系(七年制)

護理學系(與護理學研究所整併,2016增設學士後護理系,2017增設博士班)

醫學生物技術暨檢驗學系(原為醫事技術學系,1996分設醫事檢驗組以及放射技術組、2002更名,2010與醫學生物技術研究所整併)

1990

臨床醫學研究所

1992

護理學研究所(整併為護理學系碩士班)

1993

生物醫學研究所(原為基礎醫學研究所,2008更名)

1994

物理治療學系(2010與復健科學研究所整併)

職能治療學系(2010與臨床行為科學研究所整併,2021行為科學碩士班_臨床行為與職能治療學組更名為行為科學碩士班_職能治療學組)

1996

醫學物理暨影像放射科學系(原為醫事技術學系放射組,2004由獨立醫學生物技術暨檢驗學系出來,2010與醫學物理暨影像科學研究所整併,2015增設博士班)

1998

中醫學系(2010與天然藥物研究、傳統中國醫學研究所整併)

1999

呼吸治療學系(原為呼吸照學系在職專班,2006起增設大學部,2011更名)

2000

天然藥物研究所(原為生藥科學研究所,2002年更名,2010年整併為中醫系天然藥物碩士班)

2001

傳統中國醫學研究所(2010將整併為中醫系傳統中醫學碩士班)

2002

醫學生物技術研究所(2010整併為醫學生物技術暨檢驗學系碩士班)

復健科學研究所(2010年整併為物理治療學系復健科學碩士 班及博士班)

臨床行為科學研究所(2010年整併為職能治療學系行為科學碩士班)

顱顏口腔研究所

2003

生物醫學系(原為生命科學系,2010年更名,2019增設臨床試驗評估碩士班)

2006

醫學物理暨影像科學研究所(2010年整併為醫學物理暨影像放射科學系碩士班)

2007

早期療育研究所

2012

新興病毒分子醫學國際碩士學位學程(原為分子醫學全英語碩士學位學程,2022更名)

2014

顯微手術國際碩士學位學程

健康暨長期照護產業碩士學位學程(原為健康照護產業碩士學位學程,2022更名)

生物科技產業碩士學位學程

2017

生物科技產業博士學位學程

2020

醫學科學學士學位學程