醫學院於民國76年4月奉准設立，同年7月開始招收學士後醫學系新生。民國78年，護理學系、醫事技術學系及七年制醫學系同時成立並招收首屆新生，原學士後醫學系則於民國80年停止招生。本院並於民國99年起因應發展需求進行系所整併及更名目前設有醫學系、護理學系(含碩士班及博士班)、醫學生物技術暨檢驗學系(含碩士班)、物理治療學系(含碩士班及博士班)、職能治療學系(含碩士班)、中醫學系(含天然藥物碩士班及傳統中醫學碩士班)、呼吸治療學系、生物醫學系(含碩士班)、醫學影像暨放射科學系(含碩士班及博士班)、生物醫學研究所(含碩士班及博士班)、臨床醫學研究所(含碩士班及博士班)、顱顏口腔醫學研究所(碩士班)、早期療育研究所(碩士班)、學士後護理系及免疫轉譯醫學研究所(碩士班)，共計有十系五所。另陸續增設了五個學位學程供學子有更多的選擇(新興病毒分子醫學國際碩士學位學程、顯微手術國際碩士學位學程、健康既長期照護產業碩士學位學程、生物科技產業碩 / 博士學位學程)。
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1987長庚醫學院 |
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1993長庚醫學暨工程學院 |
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1997長庚大學 |
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1987 |
學士後醫學系(1991停止招生) |
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1989 |
醫學系(七年制) |
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護理學系(與護理學研究所整併，2017增設博士班) |
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醫學生物技術暨檢驗學系(原為醫事技術學系，1996分設醫事檢驗組以及放射技術組、2002更名，2010與醫學生物技術研究所整併) |
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1990 |
臨床醫學研究所 |
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1992 |
護理學研究所(整併為護理學系碩士班) |
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1993 |
生物醫學研究所(原為基礎醫學研究所，2008更名) |
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1994 |
物理治療學系(2010與復健科學研究所整併) |
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職能治療學系(2010與臨床行為科學研究所整併，2021行為科學碩士班_臨床行為與職能治療學組更名為行為科學碩士班_職能治療學組) |
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1996 |
醫學物理暨影像放射科學系(原為醫事技術學系放射組，2004由獨立醫學生物技術暨檢驗學系出來，2010與醫學物理暨影像科學研究所整併，2015增設博士班) |
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1998 |
中醫學系(2010與天然藥物研究、傳統中國醫學研究所整併) |
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1999 |
呼吸治療學系(原為呼吸照學系在職專班，2006增設大學部，2011更名) |
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2000 |
天然藥物研究(原為生藥科學研究所，2002年更名，2010年整併為中醫系天然藥物碩士班) |
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2001 |
傳統中國醫學研究所(2010將整併為中醫系傳統中醫學碩士班) |
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2002 |
醫學生物技術研究所(2010整併為醫學生物技術暨檢驗學系碩士班) |
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復健科學研究所(2010年整併為物理治療學系復健科學碩士班及博士班) |
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臨床行為科學研究所(2010年整併為職能治療學系行為科學碩士班) |
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顱顏口腔研究所 |
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2003 |
生物醫學系(原為生命科學系，2010年更名，2019增設臨床試驗評估碩士班) |
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2006 |
醫學物理暨影像科學研究所(2010年整併為醫學物理暨影像放射科學系碩士班) |
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2007 |
早期療育研究所 |
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2012 |
新興病毒分子醫學國際碩士學位學程(原為分子醫學全英語碩士學位學程，2022更名) |
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2014 |
顯微手術國際碩士學位學程 |
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健康暨長期照護產業碩士學位學程(原為健康照護產業碩士學位學程，2022更名) |
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生物科技產業碩士學位學程 |
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2016 |
學士後護理學系 |
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2017 |
生物科技產業博士學位學程 |
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2020 |
醫學科學學士學位學程 |
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2025 |
免疫轉譯醫學研究所 |