長庚醫院聯合體系每年提供本系應屆畢業生數十名公費生名額。於學生大學一至四年級及學士後一至三年級在校生與應屆畢業生皆可申請,每學年上學期長庚醫院聯合體系各院區會與本系聯合舉辦長庚公費生相關說明會。學生的學業、實習與操性成績符合當年度申請資格的學生即可提出申請。接受審查通過者可依據獎助金標準獲得10萬至48萬不等金額的獎助學金。在學生畢業後,長庚醫院聯合體系將依據學生申請至各院區就業的志願序,安排至長庚醫院各院區的工作地點。