為因應國內對呼吸照護專才之需求，建立培養專業人員之正常管道，本系於民國88年新增設立呼吸照護在職班，爾後95學年度起本系奉准增設大學部一般生，並於97學年度起於臨床醫學研究所增設呼吸暨重症照護組碩士班，以期全面提升國內呼吸照護人力水準。
本系教學目標以培養呼吸治療專業與臨床實務兼備之人才，並讓學生具有獨立思考與解決問題之能力。
本系特色有：
◎為全國首創呼吸治療學系
◎擁有全國最完善的軟硬體教學設備，如儀器設備、實驗教室、電腦輔助教學設備等。
◎網羅具有豐富臨床經驗之教師，使教學能將理論與臨床結合。
◎與各大醫院合作（如長庚、台大、榮總、馬偕、慈濟、彰基、奇美等），提供學生完善的實習環境及優良照護品質教學人員。
◎歷年大學部畢業生參加每年7月呼吸治療師專技高考，其及格率高達90％以上，年年均居全國第一。
◎本系畢業生雇主滿意度調查達81.82％表示滿意，且願意再聘本系畢業生達88.64％。