近代醫學的突飛猛進，傳統之醫療團隊分工（醫師、護理師、藥劑師、醫檢師…等）已不足以應付各項先進之醫療技術及儀器，所以各種新的醫療角色乃應運而生：呼吸治療師、體外循環、臨床心理師等等。這些新成員的養成，並不像舊團隊成員有學校正規教育，而是仰賴各種在職教育，因此未能達到教育品質一致，乃成為最大問題。

呼吸照護（Respiratory Care）是指在醫師開立醫囑之下，執行與呼吸系統有關之急重症或一般門診及居家護理長期照護之醫療專業。因為醫療分工趨細，醫療品質提昇此專業目前在台灣的人力需求已愈趨迫切。而過去呼吸照護人員的培育主要由各醫院與呼吸照護學會施予六個月的訓練，就進入臨床工作，雖然已初具制度，但因非正式教育體系其嚴謹性仍有待加強，且考核工作仍有待改進。有鑑於此本系為推動呼吸照護專業納入正規教育體系，於八十八學年度奉准設立，並期望在完整紮實的教育訓練下，讓國內呼吸治療專業更發茁壯，以提昇未來病患呼吸照護之品質，並帶動將國內各種現代醫療專業人員訓練納入正規醫學教育體系之走向。

本系於民國八十八年成立二年制在職專班，是為國內首創之呼吸照護學系，民國九十四年因應解決國內呼吸治療人力需求匱乏問題，於九十五學年度起增設大學部普通班，招收高中畢業生共三十五名。在配合教育部將二技改由技職學校辦理之政策規劃，故本系自民國九十六年起停招在職專班。

由於國內呼吸治療界普遍缺乏專業師資，因應國內呼吸治療教育納入正規教育後師資上的嚴重缺乏問題，推展專業學術研究，培養重症整合研究人才，以及資深呼吸治療師再進修、重症醫學缺乏整合性研究單位等問題與需求，本系於九十七學年度起於臨床醫學研究所下新增呼吸暨重症照護組碩士班，招收五名研究生。另為因應招生與國內系所名稱之一致性，於一百學年度起更名為呼吸治療學系。