本校的辦學理念是培育知識與德性兼備、理論與實務結合，能身體力行、終身學習、貢獻社會的人才。校務發展目標是朝向具有重點特色的研究型大學之目標邁進，並結合企業資源，推動產學合作，積極使校務國際化，以培養醫療服務業、生技以及高科技產業需要之高級人才。秉持本校辦學理念與發展目標，以及醫學院「培育兼具現代基礎醫學知識與臨床醫學技能之優秀生物醫學人才」之教育目標，本系之設立宗旨在於：培育呼吸照護相關人才，以及發展呼吸照護相關產學合作研究。循此宗旨，本系的教育目標設立為：

（一）培養全面性呼吸照護專業能力與多元發展

（二）終身學習與解決問題能力