呼吸暨重症照護組所開設之課程規劃乃依據臨研所擬訂六項學生應具備之核心能力為目標，進行課程進度設計與教學
1. 健全臨床醫學知識及醫學研究整合能力
為健全及加強該組學生臨床呼吸治療專業與臨床醫學知識能力，本組於必修課程開設如進階重症呼吸照護及監測2學分、心肺疾病學特論3學分、敗血症及多重器官衰竭特論3學分等，讓學生得以將相關知識應用於未來的臨床專業照護和研究基礎上。在醫學研究整合能力之訓練與培養上，本組針對碩一學生開設一學年必修課程:專題討論(1)(2)各1學分，透過公開討論模式，培養碩一學生對呼吸暨重症照護相關學術研究之批判能力，並進一步提升研究生的組織整合、邏輯思考能力。
2. 充實生物醫學理論及研究能力
除了強化研究生於臨床呼吸治療與醫學知識外，為能培養本組研究生基礎醫學與臨床整合能力，提供更具廣度與深度之研究方向，本組亦開設相關生物醫學課程如必修:分子生物學3學分，選修:基本生物醫學實驗技術3學分、動物模式實驗與設計2學分、腫瘤生物學3學分、血管新生學特論3學分等，使研究生能具有生物醫學理論與實驗技術之研究能力，進而將基礎生物醫學與臨床結合。
3. 訓練獨立研究能力及研發之創造
主要透過碩士論文撰寫與研究方法必修課程:臨床醫學研究方法(1)、(2)共5學分課程之講授，培養研究生從研究主題尋找到聚焦、文獻探討、研究設計、統計分析到最後獨立完成呼吸治療研究論文。此外鼓勵研究生可與本系臨床教師合作共同申請長庚醫學研究計畫補助。
4. 培養溝通協調及團隊合作之能力
由於呼吸治療師為現今醫療團隊之一份子，具備團隊合作與溝通協調是提昇工作效率解決複雜問題，順利達成目標的重要能力之一。因此透過課程教學設計採以分組實驗、報告與小組討論方式可培養研究生溝通協調與團隊合作能力。
5. 開拓國際視野及具備國際競爭力
臨研所鼓勵所內研究生於在學期間申請出國進修，提供學生更廣泛而豐富之學習機會與經驗，能有機會學習新的研究方法，擴增研究視野，增進未來建立國際間研究團隊之合作之機會。再者本系近年積極建構國際化環境，除定期邀請國外學者專題演講與辦理研討會之外，也鼓勵本組研究生與大學部學生共同參與。
6. 具備醫學研究倫理
為建立研究生具備醫學研究倫理、人體試驗倫理與法律知識，臨研所於課程規劃內開設相關選修課程如臨床試驗概論2學分、臨床試驗執行實務2學分、生物科技與醫事法律2學分等，透過課程講述與討論介紹臨床試驗的研究理念及相關問題，以及國際法規協合會之下之臨床試驗相關規範、人體試驗委員會之機能、臨床試驗計劃書之設計、資料處理、實際執行之運作面、報告書之撰寫及臨床試驗查核。