實驗動物中心主要任務以提供高品質的實驗動物、建立符合國際標準的動物飼養環境及提供動物實驗技術支援。因此實驗動物中心以建構標準實驗動物中心、提升動物實驗技術支援以及落實實驗動物人道管理為目標，並於2018年11月通過國際實驗動物管理評鑑及認證協會（AAALAC）之完全認證。實驗動物中心分成以下兩區：一般代養區及SPF代養區。
一般代養區
一般區以兼具飼養量及實驗空間為主，除兔子外大小鼠均以獨立式氣流飼養籠架飼養動物。設有小鼠潔淨區二間動物房，二間實驗區動物房；大鼠則為一間潔淨區動物房，一間實驗區動物房。共可飼養小鼠1600籠，大鼠390籠；另設有兔子動物房一間可容納30隻兔子飼養。大小鼠飼養溫度為20-26℃，兔子溫度為16-22℃，相對溼度為30-70％。
其它設施方面，為讓使用者有更多的工具進行研究，因此設有多功能動物實驗室四間可供使用者進行特殊目的的動物實驗，如動物代謝實驗，動物行為觀察等。ABSL2實驗室則是因應進行傳染性動物實驗時可以提供一個飼養動物適當的環境以及研究人員更多的保護。
